Penelitian ini menganalisis mengenai inovasi pemanfaatan limbah kulit biji kakao dan variasi lama fermentasi untuk menghasilkan produk diversifikasi minuman fungsional berupa yoghurt. Tujuan utamanya ialah menganalisis pengaruh konsentrasi ekstrak, lama fermentasi, serta interaksi keduanya terhadap karakteristik fisika, kimia, mikrobiologi, dan sensoris yoghurt yang dihasilkan. Metode penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan dua faktor yaitu konsentrasi ekstrak kulit biji kakao (2%, 4%, 6%) dan lama fermentasi (8 jam, 16 jam, 24 jam) sebanyak 3 kali ulangan dengan analisis kimia (kadar abu, total padatan susu, kadar lemak, kadar protein, dan aktivitas antioksidan), analisis fisik (pH dan viskositas), mikrobiologi (viabilitas bakteri asam laktat), dan uji sensoris (aroma, rasa, warna, dan tekstur). Hasil penelitian ini menunjukkan konsentrasi penambahan ekstrak kulit biji kakao memberikan pengaruh berupa penurunan aktivitas antioksidan, kadar protein, viskositas, pH, dan total padatan susu, Sementara itu lama fermentasi memberikan pengaruh yang signifikan terhadap peningkatan kadar lemak dan viskositas serta berpengaruh dalam menurunkan nilai pH. Interaksi antara kedua faktor memberikan pengaruh yang signifikan terhadap parameter sensoris aroma. Berdasarkan karakteristik fisik, kimia, dan mikrobiologis, pada perlakuan A2B3 (konsentrasi 4% dan lama fermentasi 24 jam) menjadi sampel dengan perlakuan terbaik sedangkan pada perlakuan A2B2 (konsentrasi 4% dan lama fermentasi 16 jam) menjadi sampel yang paling disukai oleh panelis secara organoleptik dengan kategori agak suka. Penelitian ini menunjukkan bahwa pada analisis total padatan susu, kadar lemak, pH, dan viabilitas bakteri telah memenuhi SNI 2981:2009 mengenai yoghurt.