Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pupuk organik terhadap pertumbuhan padi sistem mina padi. Telah dilaksanakan pada bulan November 2016 – Maret 2017 di Desa Sendangtirto Kecamatan Berbah, Kabupaten Sleman Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Rancangan penelitian menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK) atau Randomized Completely Block Design (RCBD) dengan 3 blok sebagai ulangan. Ukuran masing masing petakan adalah 5 meter x 5 meter dengan sistem tanam tajarwo (2:1). Pupuk organik sebagai perlakuan terbagi atas 4 aras yaitu pupuk kandang kambing, pupuk kandang sapi, pupuk hijau dan tanpa aplikasi pupuk. Data pengamatan dianalisis dengan analisis sidik ragam (Analysis of variance) dan jika terjadi beda nyata, maka dilanjutkan dengan uji DMRT (Duncan’s Multiple Range Test) pada jenjang 5% untuk mengetahui perbedaan antar perlakuan. Hasil penelitian menunjukkan tidak ada perbedaan nyata pada setiap perlakuan pupuk organik di parameter tinggi tanaman, jumlah anakan, jumlah malai, jumlah gabah permalai, berat gabah kering tanaman, berat 1000 butir, persentase hampa, berat gabah kering perpetakan, produktivitas dan berat segar tanaman. Pengaruh nyata terlihat pada berat kering tanaman yang menunjukkan bahwa perlakuan pupuk kandang kambing menghasilkan berat kering tanaman paling tinggi. Jenis pupuk organik memberi pengaruh yang sama terhadap hasil padi sawah sistem mina padi.