Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh cara aplikasi PGPR, untuk mengetahui dosis PGPR, dan untuk mengetahui interaksi antara cara aplikasi dan dosis PGPR terhadap pertumbuhan dan produksi tanaman tomat. Penelitian ini dilakukan di kebun pendidikan dan penelitian KP2 Institut Pertanian Stiper Yogyakarta terletak di desa Maguwoharjo, Kecamatan Depok, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY). Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari - Mei 2017. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan faktorial yang disusun dalam Rancangan Acak Lengkap (Completely Randomized Desaign) yang terdiri dari 2 faktor, yaitu faktor pertama cara aplikasi (dicelup dan disiram), sedangkan faktor kedua adalah dosis PGPR (kontrol, 10, 20, dan 30 ml/l). Tidak terjadi interaksi antara cara aplikasi dan dosis PGPR pada semua parameter yang diamati. Cara aplikasi dan dosis PGPR memberikan pengaruh yang sama terhadap pertumbuhan dan produksi tanaman tomat (Lycopersicum escelentum).