Penelitian dengan tujuan untuk mengetahui pengaruh macam pupuk dan naungan terhadap pertumbuhan bibit kelapa sawit di pre nursery telah dilaksanakan di Kebun Pendidikan dan Penelitian (KP-2) Institut Pertanian Stiper Yogyakarta yang terletak di desa Maguwoharjo, kecamatan Depok, kabupaten Sleman, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta pada bulan maret – juli 2016. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode Rancangan Petak Terbagi (Split Plot Design) yang disusun secara faktorial 4 x 3. Faktor pertama adalah macam pupuk: perlakuan kontrol (tanpa pupuk), pupuk urea, pupuk NPK, dan pupuk NPKMg. Faktor kedua persentase naungan: tanpa naungan atau paranet, naungan paranet 25%, dan naungan paranet 50%. Setiap unit percobaan terdiri dari 2 bibit kelapa sawit dan terdapat 12 kombinasi perlakuan serta diulang sebanyak 3 kali jadi jumlah keseluruhan 72 bibit kelapa sawit. Data hasil pengamatan dianalisis dengan sidik ragam jenjang 5% dan perlakuan yang berbeda nyata diuji dengan DMRT 5%. Hasil penelitian menunjukkan tidak ada interaksi nyata antara macam pupuk dan persentase naungan dalam pengaruhnya terhadap semua parameter pertumbuhan bibit kelapa sawit di pre nursery. Macam pupuk dan persentase naungan memberikan pengaruh secara mandiri terhadap beberapa parameter. Macam pupuk yaitu kontrol atau tanpa pupuk, pupuk pupuk urea, NPK, dan NPKMg, sama baik untuk pertumbuhan bibit kelapa sawit di pre nursery. Macam naungan, yaitu kontrol atau tanpa naungan, naungan 25%, dan naungan 50 % sama baik untuk pertumbuhan bibit kelapa sawit di pre nursery akan tetapi pada naungan 25% dan 50% auksin berperan meningkatkan tinggi bibit, luas daun, luas daun, dan pembentukan akar pada bibit kelapa sawit.