Penelitian dilakukan di Kebun Pendidikan dan Penelitian (KP-2) Institut Pertanian Stiper Yogyakarta, yang terletak di jl Nangka II Desa Maguwoharjo, Kecamatan Depok, Kabupaten Sleman, Propinsi DI.Yogyakarta. Penelitian dilaksanakan pada tanggal 17 Desember 2014 sampai 17 Maret 2014. Penelitian ini menggunakan metode percobaan pola faktorial dengan dua faktor, disusun dengan Rancangan Acak lengkap / Completely Randomized Design ( CRD ). yang terdiri dari dua faktor. Faktor pertama adalah kedalaman lapisan tanah yang terdiri dari 2 aras yaitu tanah topsoil, tanah subsoil pada tanah regusol. Faktor ke dua adalah perbandingan pupuk organik yang terdiri atas 3 aras yaitu perbandingan 1:1, 2:1, 1:2. Data penelitian dianalisis dengan sidik ragam (analisis of variance), apabila ada beda nyata diuji dengan jarak berganda Duncan (Duncan New Multipe Range Test) pada jenjang 5% Hasil sidik ragam menunjukan bahwa antara jenis lapisan tanah dengan pembandingan pupuk organik bahwa lapisan tanah asal media tidak berpengaruh nyata terhadap pertumbuhan bibit, topsoil dan sub soil memberi pengaruh yang sama terhadap pertumbuhan bibit, perbandingan antara tanah dengan pupuk organik tidak berpengaruh nyata terhadap pertumbuhan bibit kecuali pada panjang akar, perlakuan yang terbaik adalah 1:1, interaksi antara lapisa tanah dengan perbandingan pupuk organik tidak berpengaruh nyata kecuali pada tinggi tanaman, dan kombinasi yang terbaik adalah tanah topsoil 1:1, 1:2 dan subsoil 2:1, 1:2.