Penelitian dengan tujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian zat penghambat alami dan lama penyimpanan terhadap perkecambahan benih dan pertumbuhan bibit kakao, yang telah dilakukan di Kebun Pendidikan dan Penelitian (KP2) Institut Pertanian Yogyakarta di Desa Sumber Boyong, Kecamatan Pakem, Yogyakarta yang terletak pada ketinggian tempat 600 m dpl dengan menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) dengan 2 faktor yaitu macam - macam retardan alami (kontrol, ABA, daun mimba, daun alang-alang, daun tembakau) dan lama penyimpanan (penyimpanan 0 hari, 4 hari, 7 hari, 14 hari, 21 hari). Data hasil pengamatan dianalisis dengan sidik ragam pada jenjang 5%, dan antar perlakuan yang terdapat perbedaan nyata diuji lanjut dengan DMRT pada jenjang 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa macam retardan alami dan lama penyimpanan menunjukkan terjadinya interaksi nyata terhadap daya berkecambah, tinggi tanaman, jumlah akar sekunder, dan panjang akar. Kombinasi perlakuan terbaik pada hasil daya berkecambah adalah penggunaan ABA hingga lama penyimpanan 14 hari. Tinggi tanaman yang terbaik diperoleh pada kombinasi perlakuan menggunakan ektrak daun tembakau yang dapat disimpan sampai 4 hari. Jumlah akar sekunder yang terbaik diperoleh pada kombinasi perlakuan ektrak daun mimba yang dapat disimpan sampai 7 hari. Sedangkan panjang akar yang terbaik diperoleh pada kombinasi perlakuan ektrak daun alang-alang yang dapat disimpan sampai 7 hari.