Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pertumbuhan kopi Arabika (Coffea arabica) dan kopi Robusta (Coffea canephora), serta mengetahui perbedaan pertumbuhan antara keduanya pada sistem agroforestri di Padukuhan Keceme, Kalurahan Gerbosari, Kapanewon Samigaluh, Kabupaten Kulon Progo, Daerah Istimewa Yogyakarta. Penelitian dilakukan dengan membuat tiga petak ukur (PU) yang mewakili kondisi lahan agroforestri di lokasi penelitian. Parameter yang diamati meliputi tinggi tanaman, tinggi tajuk, diameter batang, diameter tajuk, dan jumlah cabang produktif. Data dianalisis menggunakan uji ANOVA dan uji lanjut DMRT untuk membandingkan pertumbuhan antar PU, serta uji t untuk membandingkan pertumbuhan antara kopi Arabika dan Robusta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman kopi Arabika yang dilakukan pruning secara rutin menghasilkan buah kopi lebih banyak hingga 3 kg per pohon per tahun, sedangkan untuk tanaman yang tidak di pruning menghasilkan lebih sedikit buah kopi yakni 1-2 kg per pohon per tahun. Pertumbuhan tanaman kopi Robusta menunjukkan keragaman antar lahan, yang ditandai dengan sebaran jumlah tanaman yang tidak merata serta jumlah cabang produktif yang cenderung lebih tinggi pada tanaman tanpa perlakuan pruning. Jenis pohon penaung yang ditemukan meliputi sengon, nangka, alpukat, waru, saman, durian, dan mahoni, dengan jenis sengon sebagai pohon penaung yang dominan.