Makroinvertebrata merupakan organisme yang hidup di dasar perairan dan memiliki tingkat sensitifitas yang berbeda terhadap perubahan kondisi, Penggunaan makroinvertebrata sebagai indikator disebabkan oleh sensitifitasnya yang tinggi terhadap perubahan kualitas air, termasuk kelompok EPT (Ephemeroptera, Plecoptera, dan Trichoptera). Selain itu, keberadaan EPT dipengaruhi oleh sumber pencemaran sungai. Penelitian ini dilakukan di tiga stasiun pemantauan (hulu, tengah, dan hilir) yang terletak di Sungai Pusur. Setiap stasiun memiliki sepuluh pengulangan pengambilan sampel, dilanjutkan dengan perhitungan nilai indeks penilaian makroinvertebrata. Hasil studi menunjukan bahwa pada stasiun Hulu tingkat pencemaran ringan, pada stasiun Tengan tingkat pencemaran ringan, dan pada stasiun Hilir tingkat pencemaran sedang.