Penelitian ini bertujuan untuk menentukan perbandingan jumlah pengulangan pencucian CIAA pada ekstraksi DNA kelapa sawit varietas Simalungun, Socfindo dan First Resources serta menganalisis keragaman genetik arietas kelapa sawit. Penelitian dilaksanakan pada bulan April sampai Mei 2021 di Laboratorium Pusat Institiut Pertanian STIPER Yogyakarta Laboratorium Pemuliaan Tanaman Universitas Gadjah Mada. Metode ekstraksi yang digunakan adalah Doyle & Doyle termodifikasi. Sampel yang digunakan adalah tanaman kelapa sawit varietas Simalungun, Socfindo dan First Resources berumur 4-12 bulan dengan berat 0,1 gram. Masing-masing sammpel sebanyak tiga kali sehingga ada 9 sampel yangdianalisis. Parameter penelitian berupa kualitas dan kuantitas DNA hasil ekstraksi. Kualitas DNA ditentukan dengan visualisasi menggunakan elektroforesis sedangjan kuantitas DNA ditentukan menggunakan spektrofotometer. Primer yang digunakann addalah OPD 2, OPD 8, OPD 11, OPD 19 dan OPD 20. Hasil analisis ekstraksi DNA menunjukkan bahwa pencucian CIAA lebih dari satu kali mampu menghasilkan kualitas maupun kuantitas DNA lebih baik. Data dalam populasi yang didapat sangat tinggi yaitu mencapai 90% sedangkan data antar populasi cukup rendah yaitu 10%.