Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui pengaruh mikrobia terhadap pertumbuhan pada fase vegetatif , mengetahui Pengaruh aplikasi mikrobia terhadap kandungan logam, mengetahui pengaruh aplikasi mikrobia terhadap produksi, mengetahui varietas unggul yang toleran terhadap serapan logam berat yang berdampak pada kandungan logam berat di beras pada macam varietas padi. Penelitian Percobaan ini dilaksanakan di desa Sedangsari, Kecamatan Minggir, kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Dengan ketinggian tempat 141 mdpl. Pelaksanaan penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan bulan Mei 2023. Penelitian ini menggunakan analisis variance yang terdiri dari 2 faktor. Faktor pertama adalah dengan dan tanpa aplikasi mikrobia dengan jenis bakteri Pseudomonas Putida, Bacillus Megaterium, dan Stenotrophomonas Maltophilia, Faktor kedua adalah varietas padi yang terdiri dari Inpara 47, Inpari 24, Segreng, Sembada Merah, Mahsuri, Cilamaya Muncul, Inpari 47. Sehingga dalam 2 blok sawah didapati 14 perlakuan dan terdapat 12 ulangan di setiap perlakuan. Sehingga total 168 satuan percobaan dalam penelitian ini. Data yang telah diamati dianalisis menggunakan sidik ragam anova pada jenjang 5%, jika terjadi beda nyata, maka akan dilakukan uji lanjut Duncan pada jenjang 5% hasil penelitian menunjukan pemberian aplikasi mikrobia dan tanpa mikrobia memberikan pengaruh sama terhadap pertumbuhan beberapa varietas padi dan macam unsur kandungan logam pada tanah serta pada tanaman padi, varietas memberikan pengaruh yang nyata, dan hasil produksi cenderung lebih baik dengan aplikasi mikrobia.